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　以上です。事前の情報通りMac版/Windows版はまだ埋め込みフォントの表示に対応していないようですので、この状況だとまだ、例えば語学書のような「埋め込みフォントでの表示を必須とする」ようなタイプのコンテンツに利用はできないかなと思います。また、Mac版/Windows版が対応したとしても、コンテンツ制作者側で特定のフォントでの表示を強制させるような作りにはできないようなので、目立つ場所に「出版社のフォント」を選んでください、という注意書きは必要になるでしょう。
　ただ「見出しを極太ゴシックで表示させたい」というような、例え埋め込みフォントの表示が適用されなくても読む分には問題がない表現は、今でも出版側が割り切れれば可能ではあります。
　なお、今手元にAndroidのテスト端末がないためAndroid版の表示チェックができていません。お手元の環境で確認できる方、教えていただけると助かります。おそらく問題ないかとは思うのですが･･･

（2021.10.13）

見出しにも埋め込みフォントが適用されているとの情報をいただいたのでテキストを修正しました。

（2021.10.14）

　各ストアビューア向けのEPUB制作で、画面サイズに対して%で画像表示サイズを指定することは長らくできておらず、悩ましい問題です。これは2014年頃にEPUB組版表現の対応状況を調査し始めてから状況がずっと変わっていません。特にKindleでは、PaperWhiteなどの電子ペーパー専用端末とAndroid版では％指定が効くものの、iOS版Kindleアプリで効かないという状況が続いており（参考／項目7-9）、このために画像を画面内の特定のサイズで表示させるために「余白部分込み」で画像化するというまるでWebの初期のようなTipsを使用せざるを得ませんでした。
　これをやってしまいますと、ビューア側の設定で背景色を変えた際に余白部分が白く表示されて見えてしまうので可能ならば避けた方が良いのですが、サイズ指定が効かないよりはマシということで使われてきたわけです。
　ただ、最近JAGATの研究会活動の一環として改めて挙動をチェックしてみたところ、％指定が効かなかったiOS版Kindleでもどうやら単位にvw/vh^※1を用いたサイズ指定なら効くことがわかりました。であるならば、もしかしたら%とvw/vhを同じ値で指定してやることでKindleの全プラットフォーム共通のサイズ指定ができるかもしれません。ということで試してみよう、というのが今回の趣旨です。

　ということでひとまず目的は達しました。とはいえ％でのサイズ指定が効かないのはKindleだけではなく、Mac版iBooks（もうApple Booksですが）でも同様だったりしますので、出来るなら将来的にはメディアクエリは外したいところです。各電書ストアビューアの表示対応を期待します。

※1 vwは表示中の画面（ビューポート）の横幅に対しての%指定、vhは高さに対しての%指定の意味。参考記事はこちら。
※2 電書協EPUB3制作ガイドのCSS記述を参考にしている。
※3 中の人に報告上げてブログ記事作る間に該当のビューアで修正がかかった模様。対応が早くてありがたい。とはいえ不具合が出るビューアが1社だけとは限らないので記事としては残しておく。
※4 参考：http://epubsecrets.com/media-queries-for-kindle-devices.php

おまけ
EPUBで電書協ガイドの規定クラスに追記するには以下の形になるはず。book-style.cssの作品別カスタマイズ領域に書けばよい。

CSS

/* iOS版Kindleでのサイズ指定反映対策（vh/vw追加指定） */ @media amzn-kf8 { .height-010per { height: 10vh; } .height-020per { height: 20vh; } .height-025per { height: 25vh; } .height-030per { height: 30vh; } .height-033per { height: 33vh; } .height-040per { height: 40vh; } .height-050per { height: 50vh; } .height-060per { height: 60vh; } .height-067per { height: 67vh; } .height-070per { height: 70vh; } .height-075per { height: 75vh; } .height-080per { height: 80vh; } .height-090per { height: 90vh; } .height-100per { height: 100vh; } .width-010per { width: 10vw; } .width-020per { width: 20vw; } .width-025per { width: 25vw; } .width-030per { width: 30vw; } .width-033per { width: 33vw; } .width-040per { width: 40vw; } .width-050per { width: 50vw; } .width-060per { width: 60vw; } .width-067per { width: 67vw; } .width-070per { width: 70vw; } .width-075per { width: 75vw; } .width-080per { width: 80vw; } .width-090per { width: 90vw; } .width-100per { width: 100vw; } }

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31

/* iOS版Kindleでのサイズ指定反映対策（vh/vw追加指定） */ @media amzn-kf8 { .height-010per { height:  10vh; } .height-020per { height:  20vh; } .height-025per { height:  25vh; } .height-030per { height:  30vh; } .height-033per { height:  33vh; } .height-040per { height:  40vh; } .height-050per { height:  50vh; } .height-060per { height:  60vh; } .height-067per { height:  67vh; } .height-070per { height:  70vh; } .height-075per { height:  75vh; } .height-080per { height:  80vh; } .height-090per { height:  90vh; } .height-100per { height: 100vh; } .width-010per { width:  10vw; } .width-020per { width:  20vw; } .width-025per { width:  25vw; } .width-030per { width:  30vw; } .width-033per { width:  33vw; } .width-040per { width:  40vw; } .width-050per { width:  50vw; } .width-060per { width:  60vw; } .width-067per { width:  67vw; } .width-070per { width:  70vw; } .width-075per { width:  75vw; } .width-080per { width:  80vw; } .width-090per { width:  90vw; } .width-100per { width: 100vw; } }

（2018.10.1）

Amazon Kindle向けコンテンツ作成の仕様書、「Amazon Kindle パブリッシングガイドライン」が更新されていたようですので、更新部分をざっくりとチェックしました。英語版はこちら。以下、見出しは元文書の見出し項目そのまま、赤字は特に重要と思われる箇所です。ご一読ください。

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今回、Real Page Number対応やepub:type 属性での脚注ポップアップ対応、MathML対応など大きな追加ポイントがありましたが、潜在的に最も大きな変化は「タイプセッティングの改善」（まだ日本語非対応ですが）に関するものでしょう。これは改訂履歴の項目の大部分がこれ絡みであることからわかります。
どうもずっとこの機能は謎のままだったのですが、今回の改訂から推測する限りでは、フォントサイズや端末の種類に伴う画面サイズなどの変化に応じてKindle側が随時CSSの値の調整を行う機能であるように思われます。つまりメディアクエリ的なことをKindleが自動でやるということです。これは日本語コンテンツでも使えるようになれば相当以上に大きな変化がもたらされるものと思います。ただし実機でのコンテンツ表示チェックは相当以上に大変になりそうです。Amazonがレンダリングエンジンの不具合を長期放置している理由もこれの対応が絡んでいるような気はします。

（2018.8.6）